Perjalanan STIS Hidayatullah sejak tahun 2003 hingga 2010 mengalami beberapa kali pergantian ketua. Pergantian ketua sebenarnya adalah suatu hal yang biasa. Ia lumrah kita temukan dalam sebuah organisasi di tengah masyarakat. Namun,  diharapkan dengan pergantian tersebut tentu lahir suatu hal yang luar biasa. Seiring perjalanan waktu, STIS Hidayatullah yang bernaung di bawah Yayasan Pondok Pesantren Hidayatullah (YPPH) Balikpapan ini dinakhodai untuk kali pertama oleh ustadz Nashirul Haq, Lc. MA. Ustadz  yang meraih gelar Magister di Universitas Kebangsaan malaysia ini menjabat selama 2 tahun. Tepatnya pada periode tahun 2003-2005. Suka duka awal perjalanan STIS Hidayatullah berawal di bawah kepemimpinanan Nashirul Haq. Mulai dari perintisan STIS hingga kepada izin pendirian dan segala urusan lainnya.

Selanjutnya Ust. Nashirul "loncat" dan memangku amanah sebagai ketua Yayasan Pondok Pesantren Hidayatullah (YPPH) Balikpapan. Tongkat estafeta kepemimpinan berikutnya  diamanahkan kepada ust. Naspi Arsyad, Lc. Sosok ustadz yang enerjik ini menjabat selama 4 tahun, pada periode 2005-2009.  Bersama  Ustadz Naspi, STIS mengalami berbagai  kemajuan dan perkembangan. Termasuk ketika untuk kali pertama STIS berhasil menelorkan alumni angkatan pertama pada tahun 2007.

Atas dasar pertimbangan lanjut studi, alhasil jabatan Ketua STIS kembali mengalami pergantian. Kali ini amanah tersebut jatuh kepada  Ust. Abdurrohim, S.Hum, M.S.I. Meski hanya menjabat selama kurang lebih setahun, namun dinamika perubahan tetap terasa selama masa kepemimpinannya tersebut. Tercatat, upaya akreditasi sebagai suatu keniscayaan dalam sebuah Perguruan Tinggi berhasil dirasakan pada periode ustadz yang hobi membaca literatur sejarah tersebut. 

Memasuki penghujung tahun 2010, tepatnya pada Bulan  Oktober 2010, Yayasan Pondok Pesantren Hidayatullah sebagai tempat STIS Hidayatullah kembali  mengadakan rangkaian  musyawarah. Urun rembuk mencari sosok pengganti Ustadz Abdurrohim yang melanjutkan studi doktoral di Universitas Islam negeri (UIN) Kalijaga Jogjakarta.

Sebagai langkah awal, dibentuklah tim formatur atau perumus yang terdiri dari berbagai unsur. Terutama dari  dewan pembina dan beberapa ustadz-ustadz yang "senior". Tim ini dikomandani oleh Ustadz Abdul Qadir Jailani bersama beberapa ustadz yang lain. Ust. Nashirul Haq, Ust. Zainuddin Musaddad, Ust. Syamsu Rijal Palu, serta Ust. Abdul Ghofar Hadi. Mereka bertugas mencari serta menjaring kandidat yang layak menjadi Ketua STIS.

Seperti yang sudah diduga sebelumnya, dari berbagai diskusi dan pertemuan, muncul sebuah nama yang kian  mengkerucut, yang tak lain adalah Ustadz Nashirul Haq. Hal ini tidaklah mengherankan, sebab adari berbagai pertimbangan, ustadz yang juga alumnus Medina University ini sangatlah layak menduduki pposisi tersebut. Sebutlah sebagai contoh, sisi ketokohan dan kapasitas ilmu yang tak disangsikan lagi oleh banyak pihak. 

Singkat kata, seluruh tim perumus sepakat pada pencalonan Ustadz Nashirul sebagai Ketua STIS. Hingga  pada akhirnya semuanya jadi buyar ketika hal tersebut berbenturan dengan aturan negara tentang Ketua Perguruan Tinggi dan Ketua Yayasan. Dalam aturan yang tertuang pada PP 60 tahun 1999 pasal 53 tersebut, menjelaskan larangan merangkap jabatan pada dua jabatan tersebut. Hal ini terungkap ketika tim perumus menyampaikan hasil ikhtiar  mereka dihadapan para pengurus STIS Hidayatullah. Oleh Hidayat Jaya Miharja,  seorang dosen STIS lalu dijelaskan secara gamblang aturan tersebut.

Alhasil, setelah melewati rapat tertutup, tim perumus lalu menetapkan Ustadz Abdul Ghofar Hadi, S. Sos, M.S.I sebagai Ketua STIS Hidayatullah periode 2010 hingga masa yang tidak ditentukan. Allahu Akbar!!!

Lihat Hasil Poling